七世章嘉呼图克图与南京国民政府蒙藏委员会不仅有互相合作的一面，也产生了许多矛盾。双方的矛盾主要体现于四个方面：第一，蒙藏委员会质疑七世章嘉呼图克图为内蒙古藏传佛教领袖；第二，蒙藏委员会欲撤销传统上由章嘉呼图克图管辖的北平喇嘛事务处；第三，蒙藏委员会拒绝七世章嘉呼图克图派宗教代表参加蒙古会议，并否决其提案；第四，蒙藏委员会参事吴鹤龄与七世章嘉呼图克图的政见分歧。七世章嘉呼图克图与蒙藏委员会冲突的本质是宗教与政治的博弈：前者欲保留宗教权力，而后者却努力贯彻“政教分离”原则，反对以七世章嘉呼图克图为首的宗教势力对政治的干预。与民国北洋政府时期类似，这也是中央政府治理蒙藏地区策略转变的典型体现，即由清代中前期的羁縻笼络政策向近代“政教分离”转变。
