科技交流是中印尼人文交流的重要一环。中印尼自古代起就开展科技交流，但两国科技交流取得长足发展是在两国恢复外交关系以后。复交以来，两国政府设立了众多机制来推进两国的科技交流活动，形成了政府先行、民间跟进的局面。两国政府多次开展互访活动，两国的科研院所、企业等也相继开展科技交流。两国的科技交流领域宽广，涉及农业、海洋、航空技术和医药制造等领域。2021年，两国科技交流依旧，双方继续开展高层互访活动，在医药、数字技术、农业、教育等领域开展科技交流。与此前相比，2021年两国在医药和数字技术领域的交流程度提升。这种变化一方面受到疫情的影响，另一方面也与两国的需求有关。两国的科技交流也面临一些挑战：印尼国内对中国的负面认知影响两国科技交流，医药技术交流利益交互不够广，技术转移进展缓慢。
