在经历了塞尔柱人的打击、所谓“什叶派”世纪的终结之后，什叶派在阿巴斯帝国核心地区的发展受到了一定的限制。但是，塞尔柱苏丹的统治未能让阿巴斯帝国重塑辉煌，什叶派力量随着帝国的式微再次成为新兴政治运动的主导力量，在北非和叙利亚地区得以发展。特别是从伊斯玛仪派中分化出的尼扎里派，因其与十字军的相遇而以“阿萨辛”派闻名，又覆灭在蒙古人西征的铁蹄之下。在著名历史学家志费尼的记述中，被旭烈兀的大军扫荡过后的阿萨辛派山间城堡，“幽冥中的神匠用残暴之笔在每所住宅的门廊上写下诗句：‘这些，他们的屋舍，是一片废墟’”，阿萨辛派尽数被杀。但是，在19世纪的南亚，英印孟买最高法院的一个判决，却使得生活在那里的什叶派社团与历史上的伊斯玛仪派建立了联系。