作为距离台湾最近的省区，福建和台湾在历史上就一直保持密切联系，福建对台有着地缘、血缘、文缘、商缘、法缘等五缘优势。因此，在现有的11个自贸试验区中，福建自贸试验区是唯一将“充分发挥对台优势，率先推进与台湾地区投资贸易自由化进程，把自贸试验区建设成为深化两岸经济合作的示范区”和“创新两岸合作机制，推动货物、服务、资金、人员等各类要素自由流动，增强闽台经济关联度”作为自身战略定位和发展目标的自贸试验区。由此可见，福建自贸试验区肩负着不断创新两岸合作机制、为深化两岸合作探索新思路的历史使命。
