当今世界正经历百年未有之大变局与全球疫情之大考验。在严峻的考验面前，中印尼两国政府与人民同舟共济、共克时艰。在中国抗击疫情的关键时刻，印尼政府和社会各界紧急提供医疗物资驰援中国，并在道义上声援中国。当疫情在印尼肆虐时，中国对印尼投桃报李。两国的疫情合作既体现在中央政府层面，也体现在地方政府层面，还体现在企业与其他各种社会组织方面。两国的抗疫合作也表现出三个特点：疫苗合作成为中印尼卫生合作的亮点；两国的抗疫合作在多边与双边方面都取得了突出成效；两国的抗疫合作注重卫生合作的机制建设。但抗击疫情的过程也突显了影响两国进一步合作的因素：在体系层次上，两极格局的初步呈现使印尼在中美之间采取了对冲战略，印尼与中国的合作存在一定的限度；在单元层次上，印尼社会中仍存在相当程度的对华不信任氛围，在美日的煽动下，这种不信任有长期延续的趋势。就整体而言，中印尼卫生合作中机遇与挑战并存，但机遇大于挑战。