国家赋予福建自贸区最重要的战略定位就是“充分发挥对台优势，率先推进与台湾地区投资贸易便利化、自由化进程，把自贸试验区建设成为深化两岸经济合作的示范区”。福建自贸区要积极贯彻落实中央大政方针，服务“祖国和平统一”大业，充分发挥对台窗口作用，打造两岸经济社会融合发展先行区，为全面推动两岸经济社会全面融合探索积累经验。
