自2000年到2011年，上海市滚动实施了四轮环保三年行动计划，上海的水环境质量、河道通畅程度等都得到了很大改善：化学需氧量排放量和工业废水排放量逐年减少，污水集中处理量和集中处理率不断增加，黄浦江、苏州河与长江口等主要河流水质小幅改善，城镇化地区的河道基本消除黑臭。但是，上海的水环境与河道治理仍然面临不少挑战，包括生活和服务业废水排放不断增长，面源污染未得到有效控制，市政泵站污染突出，郊区污水处理能力不足，上游来水污染和全球气候变化的影响凸显，公众参与及监督机制未真正建立。为此，建议上海市有关部门将水环境治理重点转向居民、服务业等非工业废水以及面源污染，进一步完善城乡污水收集处理体系建设，对河道进行生态修复以加强对环境变化的适应能力，加强太湖流域和长江流域的水环境治理合作，建立参与式的水环境管理体系。