粤港澳城市群合作的基本定向是：在目前粤港澳经济合作相互融合水平不断提高的基础上，促进粤港澳城市群经济的高度一体化，以切实有效提升粤港澳城市群在国内外经济体系中的竞争力水平。粤港澳城市群经济的高度一体化必须以努力促进粤港澳城市群内各城市之间经济运行机制的高度对接（杨英张、守哲2012）及经济要素在粤港澳城市群内（包括与国际市场高度对接）高度进行相向自由流动为基本前提。自由贸易区作为突破贸易保护，促进国际贸易及国际合作的枢纽型区域，对于促进成员之间生产要素、产品、服务的跨地区合理自由流动具有重大的促进作用。在当前经济全球化和区域经济一体化背景下，积极调整粤港澳城市群合作平台的一个重要的发展思路，便是建设粤港澳自由贸易区。