粤港澳大湾区作为一个相对独立的地理区域，建成美丽湾区需要粤港澳三地通力合作。由于“一国两制三法系”的基本构架，三地的生态环境保护政策和法律协同运行存在不少障碍，需要从美丽湾区的建设目标、执行机制和监督保障机制三个层面构建三地之间的政策与法律协同机制。首先，自然地理条件决定了粤港澳大湾区发展的整体性和环境资源的关联性，因此应当协同设定大湾区的环境质量目标、污染减排目标、资源保护目标等具体目标，并形成总体的美丽湾区建设目标，以政府间协商机制、专家咨询机制和定期检讨机制确保目标的合理性。其次，要正确认识美丽湾区建设中三地协作执行的基本困难，在环境质量的协作保护、污染减排的协作执行、自然资源的协作保护等方面建立三地的环境信息沟通机制、协调的执法标准体系、相对统一的环境监测体系以及环境执法的协调机制。最后，要充分认识美丽湾区建设的监督保障机制的重要性，从环境信息核查、环境监测复核、环境执法监督以及公众参与监督几个方面完善监督机制，从技术支持、人才保障、金融支持等方面完善保障机制，从而确保美丽湾区建设目标的实现。